今回参考にしたサイトはこちら。
使い勝手向上委員会 Movable Type 4 でlightboxを使いたい - Style ～Custom Plan～:http://style.customplan.info/2007/12/-3-movable-type-4-lightbox.html

しかしこの通りに設定すると動作しなかったので一部変更してあります。
変更した場所はヘッダーの追記した箇所です。

<script type="text/javascript" src="/[MovableType本体]/javascript/lightbox/js/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript" src="/[MovableType本体]/javascript/lightbox/js/scriptaculous.js?load=effects,builder"></script>
<script type="text/javascript" src="/[MovableType本体]/javascript/lightbox/js/lightbox.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="/[MovableType本体]/javascript/lightbox/css/lightbox.css" type="text/css" media="screen" />

赤字の箇所を追記することによって動作するようになりました。
ついでにLightboxの適用を楽に行うために Lightboxプラグイン（改良版） を導入しようとしたのですが、動作しませんでした。
Movable Typeのプラグイン一覧には表示されるのですが、チェックボックスは表示されず･･････
原因がいまだに解らないのでとりあえず手動で rel="lightbox" を付けています。