実は、アーカイブマッピングにMTタグが利用できます
つまり、<MTIfCategory> タグを利用すればカテゴリー毎にマッピングの設定ができるわけです
下記に例として、別ブログで使用しているアーカイブマッピングを載せます

<MTIfCategory name="blog">blog/%y/%m/%d-%e%x

　<MTElse>
　　<MTIfCategory name="pic">media/pic/%y%m%d/%e%x

　　　<MTElse>
　　　　<MTIfCategory name="mov">media/mov/%y%m%d/%e%x

　　　　　<MTElse>
　　　　　　%e%x
　　　　　</MTElse>

　　　　</MTIfCategory>
　　　</MTElse>

　　</MTIfCategory>
　</MTElse>

</MTIfCategory>

上記では見やすくするために改行してますが、実際に使用する場合には一行にまとめてください

%yや、%eといった表記については、
アーカイブマッピングで利用するアーカイブファイル名の定義
をご覧ください